在不少乙肝患者，甚至于医务工作者的心目中，乙肝治疗的根本目的就是让病毒指标转阴。这一误解带来了许多问题：患者四处奔波，求医问药，欲寻转阴良方，但左治右治，病毒指标老是纹丝不动，令患者深感失望；有的患者几经努力，耗财费力，终于看到了一二项指标转阴，高兴了没几天，病毒指标又再次转阳。那么，该如何判断病毒指标阴转是好还是不好呢?
　　1．带来积极作用、好转性质的阴转。有的患者经过正确的药物治疗或虽未经特殊治疗，但通过自身免疫机制的调整，都可能出现乙肝病毒指标阴转。最常见的是“大三阳”转为“小三阳”或是“小二阳”(即表面抗原和核心抗体阳性)，有时甚至于转为e抗体和核心抗体阳性。这种情况多见于：(1)急性乙肝恢复后，病情得到彻底治愈；(2)慢性乙肝病毒携带者的自愈、自限，在不知不觉中自身完成了清除病毒的过程；(3)一部分患者经治疗后发生的积极反应。其特点是随着乙肝病毒指标的阴转，患者症状(食欲不振、疲乏、肝区不适、腹胀等)及体征明显好转，肝功恢复正常并长期保持稳定，乙肝病毒主要复制指标(e抗原、HB—VDNA)持续阴性。
　　2．带来消极作用、恶化性质的阴转。有的患者反复用药治疗或未经特殊治疗，也会出现乙肝病毒指标阴转。但病毒指标虽然转阴了，病情却越来越严重，症状、体征不断加重；疲乏劳累、腹胀纳差、面色萎黄或黧黑、肝掌、蜘蛛痣明显等；肝功损害加剧，转氨酶、黄疸反复升高，白蛋白下降明显，球蛋白日见上升，凝血机制恶化；影像学检查提示病情向严重方面演变。如果遇到这种情况，说明上述病毒阴转是病毒变异造成的。乙肝病毒前c区基因变异是最常见的一种变异，变异后乙肝病毒e抗原不能产生，以致检查e抗原为阴性，但它并不代表病毒复制的减轻或消失，因而使病情迁延不愈，容易发生肝硬化，甚至发生暴发性肝坏死。另外，乙肝病毒的s基因区也可发生变异，其编码的乙肝表面抗原不能产生或表达，患者可出现表面抗原检查阴性。这不仅导致医生的误判，而且还是导致乙肝疫苗接种失败的原因。越来越多的科学研究表明：携带病毒时间越长，病毒越容易发生变异；用药治疗时间越长，用药种类越多，病毒越易发生变异。目前发现我国肝炎肝硬化患者“小三阳”的情况远远多于“大三阳”。
　　3．乙肝病毒存在或复制的方式是多种多样的，并非一成不变。即便是不用药治疗，病毒指标也会不断变化。药物的干预或治疗作用，往往和病毒的自然转阴相混淆，给临床研究带来相当大的困难。这些疑点很可能被社会上形形色色的肝病诊所和江湖游医所利用，他们利用各种手段(广告、小报、广播等等)编织出一个能够迅速转阴的神话，诱使广大患者上钩，而他们大赚其钱。患者为了能够迅速转阴，往往轻信其宣传，斥巨资一试，多半颗粒无收，少部分可能有一项病毒指标转阴(其中不乏病毒变异或自然阴转者)。骗子们便会利用这些病例大做文章，为其进一步行骗增加砝码。
　　根据上述情况分析，简单地通过观察病毒指标(乙肝病毒“大、小三阳”等)是否转阴，来判断疗效好坏或病情是否好转是片面的，也是不可取的。乙肝抗病毒治疗是治疗的关键所在，但是从目前实际情况看，尚无绝对有效的药物问世，因此，乙肝的治疗仍然提倡保肝、调整免疫、抗纤维化及抗病毒等综合治疗。治疗过程中不必一味要求病毒指标阴转，而应首先强调肝功能长期正常及稳定。应从我国实际情况出发，尽可能少用那些疗效不确切、价格昂贵的进口西药(如干扰素、日达仙等等)，而应强调以中医药为主的治疗原则。恢复肝功能、保肝降酶降黄可使用中药制剂甘利欣、联苯双酯、复方益肝灵等；抗肝纤维化可用复方鳖甲软肝片等；抗病毒可用苦参素或山豆根注射液等。正确合理使用中药制剂可以取得事半功倍的效果，是我国现阶段广大城乡值得推广的良策。从目前临床实际情况看，乙肝治疗应把握这样一个原则：任何一个迁延性或活动性的乙肝，其治疗的现实目标是将其恢复至乙肝的初始阶段，即乙肝病毒的携带状态，并使其长期稳定于此状态；对于乙肝病毒携带者，可视为基本正常状态，不必刻意用药治疗，只要做好复查、随访、预防等即可。