Luminal亚型乳腺癌细胞与正常乳腺细胞的circRNA表达谱差异分析

来源 :南方医科大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:nidayedejb
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目的探讨环状RNA(circRNA)在Luminal亚型乳腺癌细胞与正常乳腺细胞中表达谱的差异。方法分别提取Luminal亚型细胞MCF7和正常乳腺细胞MCF10A的总RNA;使用Nano Drop ND-1000对total RNA质量进行检测,用核糖核酸酶R分解total RNA以除去线性RNA并富集circRNA;利用随机引物法扩增富集的circRNA并转录成荧光cRNA;将荧光标记cRNA杂交到circRNA微阵列芯片上,扫描得到两种细胞的circRNA表达谱;在Agilent Feature Extraction软件中进行原始数据提取,并对采集到的阵列图像进行分位数归一化和后续数据处理,进行火山图和聚类热图分析;最后,选取差异表达倍数较高的3条circRNA进行实时荧光定量PCR(q PCR)鉴定。结果提取的MCF7和MCF10A细胞总RNA纯度高、完整度较好;扫描微阵列芯片上标记的荧光信号,发现两种细胞的circRNA表达谱明显不同;与MCF10A细胞相比,在MCF7细胞的全部12 910条circRNA表达归一化结果中,有5964条上调,81条表达水平一致,6865条下调;表达差异(Log fold change)在2倍以上的有343条,其中213条上调,130条下调;表达差异在5倍以上的有9条,其中8条上调,分别为:hsacircRNA061260(6.02倍)、hsacircRNA103933(5.96倍)、hsacircRNA005239(5.84倍)、hsacircRNA100689(5.69倍)、hsacircRNA004087(5.60倍)、hsacircRNA104420(5.25倍)、hsacircRNA104421(5.13倍)和hsacircRNA101222(5.03倍),1条下调:hsacircRNA104864(5.09倍);经q PCR鉴定hsacircRNA100689、hsacircRNA005239和hsacircRNA104864的差异表达趋势与芯片结果相符。结论 Luminal亚型乳腺癌细胞与正常乳腺细胞的circRNA表达差异较大,其中表达上调或下调的circRNA有望成为Luminal亚型乳腺癌诊断的新靶标。
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