种质来源、药材产地及其产出药材的加工炮制方法,是临床优质药材（饮片）生产的基本要素。秦艽为多来源品种,云南丽江为其基原之一——粗茎秦艽Gentiana crassicaulis道地药材产区。在药材传统栽培区确定试验样地,对所产药材进行加工炮制处理,即分别在产地、饮片厂进行平行初加工,分为切片或不切片（原个子）两大类,发汗处理或不经发汗处理,干燥方式为自然晾晒或加热烘干。分别测定其指标性成分,构建HPLC指纹图谱;同时,在课题组前期物种分类学鉴定及遗传背景分析基础上,筛选DNA片段,测定各加工炮制组药材样品以及丽江产野生植株的相关序列,以构建云南丽江道地产区药材的DNA条形码。结果显示:（1）试验样地样品及野生植株均为龙胆科龙胆属粗茎秦艽G. crassicaulis;（2）共得到270条trnC-GCA-petN、atpB-rbcL、psbN、ndhB-rps7及ycf1相关序列,丽江产栽培品分3个基因型,其中Ⅲ型与野生居群共享,由此构建云南丽江产粗茎秦艽（野生与栽培品）的DNA条形码;（3）各组马钱苷酸、龙胆苦苷的总含量均大于《中国药典》规定的2.5%;（4） HPLC指纹图谱中,确定9个共有峰,各组内相似度均大于0.999;（5） PCA得分图中,所有切片样品聚为一簇;而原个子样品分布较为分散。本工作可为生产临床质量稳定且优的秦艽药材（饮片）、多来源中药品种的科学评价及道地药材溯源及生产等提供科学资料。