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卵巢肿瘤早期诊断是改善预后的最有效方法。目前以CA125结合超声为主的诊断模式，缺乏足够的敏感性和特异性。以二维凝胶电泳和质谱为代表的蛋白质组学技术的应用，发现了多种除CA125外的差异表达蛋白，为潜在的肿瘤标志物。蛋白质组学研究还揭示了卵巢肿瘤患者体内信号传导通路的改变和蛋白质分子的翻译后修饰，这些改变介导了瘤变或耐药过程，为药物治疗提供了新的靶标，亦为患者个体化治疗提供了可能。