探讨环状RNA(circRNA)在人表皮生长因子受体2(HER-2)亚型乳腺癌细胞与正常乳腺细胞中的表达差异，为开发新型HER-2亚型乳腺癌诊断或治疗的标志物奠定基础。
方法分别提取HER-2亚型乳腺癌细胞SK-BR-3和正常乳腺细胞MCF10A的总RNA，使用NanoDrop ND-1000对总RNA进行质量检测，用核糖核酸酶R除去线性RNA并富集circRNA。采用随机引物法扩增富集的circRNA并转录成荧光带有荧光的互补RNA，与circRNA微阵列芯片上的circRNA探针进行杂交反应，通过扫描读取芯片上的荧光信号得到不同细胞中circRNA的表达谱。提取原始数据并对采集到的阵列图像进行分位数归一化及聚类分析和火山图分析。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)方法对差异倍数(FC)较大的circRNA进行鉴定。利用生物信息学方法，预测差异circRNA富集的基因本体论(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路和靶向微小RNA(miRNA)。
结果从SK-BR-3和MCF10A细胞中提取的总RNA完整性较好、纯度较高。荧光表达信号显示，SK-BR-3与MCF10A细胞中的circRNA表达谱明显不同。与MCF10A细胞相比，SK-BR-3细胞的6 584条circRNA表达水平上调，6 254条表达水平下调。|log2FC|≥2的circRNA有348条，其中153条上调，195条下调。|log2FC|≥5的circRNA有8条，其中5条上调，分别是hsa_circRNA_074595(|log2FC|＝7.84)、hsa_circRNA_074598(|log2FC|＝6.50)、hsa_circRNA_085362(|log2FC|＝5.86)、hsa_circRNA_101379(|log2FC|＝5.71)和hsa_circRNA_406683(|log2FC|＝5.34)；3条下调，分别是hsa_circRNA_021714(|log2FC|＝5.46)、hsa_circRNA_100777(|log2FC|＝5.40)和hsa_circRNA_100796(|log2FC|＝5.03)。经RT-qPCR鉴定，hsa_circRNA_074595、hsa_circRNA_074598和hsa_circRNA_100777的差异表达趋势与芯片结果相符。GO分析显示，差异表达circRNA主要富集于心脏发育进程中(P<0.001)，集中在细胞黏附相关功能区域(P<0.001)，与蛋白质的丝氨酸/苏氨酸激酶调控活性显著相关(P<0.001)。KEGG分析显示，差异表达circRNA显著富集于PI3K-Akt信号通路。
结论HER-2亚型乳腺癌细胞中的circRNA表达谱与正常乳腺细胞存在明显差异，这些差异表达circRNA可能是HER-2亚型乳腺癌有潜力的诊断或治疗靶标。