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如何兼顾效率与公平，一直是经济学研究的主题和难题之一。针对区域经济发展中的效率与公平问题，基于SUP-CCR—DEA模型，在保证整体效率最优的同时，增加政府进行区域补贴后的居民收入区域差异最小化的约束条件，建立区域经济效率与公平兼顾模型，对中国东、中、西、东北四大区域进行实证分析，并用锡尔系数进行验证。分析表明，通过政府补贴改变区域间居民的收入分配，可以改善区域经济公平性，也可增进整体经济效率；西部和中部地区应获得更多的政府补贴；在缩小四大区域经济发展差距的同时，也要积极改善各大区域内部的经济公平性。