一言概之，滤水器与净水器之间最主要的区别在于各自提供的防护等级。一般来说，滤水器的作用是过滤水中的原生动物和细菌，而并不能过滤病毒。净水器是用来对付这三种微生物的，包括病毒。
　　为什么会有两种不同的过滤装备呢？主要的原因在于，过滤器很难过滤病毒。病毒比原生动物和细菌小得多，它们可以轻易地透过滤水器所用的过滤层。一般来说，紫外线、化学净化处理和煮沸都可以破坏病毒的DNA或杀死病毒。如今，泵式净水器中的新科技为我们提供了一种更加便捷的物理消除病毒的方法。
　　认清环境
　　在川西的重山中，在青藏高原上的冰川中，或者是在这个星球上其他人迹罕至的偏远地区进行户外运动，一个过滤器，或更准确地说，一个“微型滤水器”便能为户外者提供足够的保护了。在这些人迹罕至的原生态的环境中，原生动物（如隐孢子虫和鞭毛虫）和细菌（如大肠杆菌和沙门氏菌）是对身体健康产生威胁的主因。对人类有害的水生病毒主要通过排泄物传播。因此，在人迹罕至的地方，感染病毒的风险比较低。
　　要确保你的微型滤水器足够对付偏远地区的水质，市场上一些滤水器是为了去除自来水中的怪味而设计的。用来处理偏远地区水质的微型滤水器应该能过滤0.2微米以上的污染物并且应符合NSF Protocol P231协议关于去除细菌、原生物、微粒的标准。
　　如果户外目的地是属于那种水处理和卫生设施很差且水源附近人们卫生习惯较差的欠发达国家和地区，净水器是更保险的选择。一个微型过滤器加上像化学药片那样的净化剂也是一种不错的选择，它们能对付常见的病毒包括诺瓦克病毒（norovirus）和甲型肝炎病毒（hepatitis A）。
　　化学手段、紫外线和煮沸都可以使水中的微生物失去活性，但它们不能清除水中的粒子。记住这一点很重要，因为水中的粒子会降低紫外线和化学净化剂的作用。在这一点上泵式净水器有很大的优势：它不受水中污物和沉淀物的影响。泵式净水器能过滤掉0.02微米以上的杂质。所有的净水器都符合之前提到的检查标准，并且，它能去除全部三种微生物。
　　根据不同环境，可能需要采用多种结合方式的解决方案。通过谨慎地将不同处理方式配对使用，可以去除任何健康威胁。下面是一些适当的组合以及它们能实现的效果：
　　微型滤水器 活性炭：微型滤水器去除原生动物（比如贾第虫）和细菌（比如大肠杆菌），活性炭则减少不良味道和气味。活性炭也能减少来自农药、除草剂以及药物副产物的化学污染。许多滤水器配置这样的组合，比如MSR的MiniWorks，就使用了块状炭。
　　微型滤水器 化学制剂：微型滤水器去除大号的威胁，比如细菌、原生动物和微粒。然后使用化学制剂来杀死病毒（病毒太小了，微型滤水器无法滤除）。这一组合的保护效果与净水器相当。
　　微型滤水器 紫外线：两者一起，能提供如同微型滤水器 化学制剂一样的效果，而且处理完的水不会有化学制剂的异味。
　　微型滤水器 煮沸：微型滤水器去除大号的病原体与沉积物。煮沸则可以灭绝病毒威胁。
　　微型滤水器 紫外线/化学制剂 活性炭：看上去似乎很多余，但这是去除尽可能多的污染物的最好办法。微型滤水器滤除大号威胁，紫外线或者化学制剂消除病毒，活性炭则减少有机化学污染物。
　　煮沸消毒：自古以来，人们一直采用将水煮沸的方式来去除健康威胁。煮沸是最有效的净化水的方式之一。煮沸能杀死所有的病原菌，而且只需将水加热至滚沸1分钟即可（海拔2000米以上需要3分钟）。
　　煮沸消毒的缺陷在于其燃料消耗，必须携带更多的负重。另外，煮沸方式不能去除化学物质、其他无机物或者沉积物。对水进行预过滤会让它喝起来可口得多。煮沸是一种可靠的后备处理方式，如果你的主力处理装置在野外功能受损的话。而且，当你在野外跋涉了一整天，煮沸水也正好为烹饪一顿温暖的大餐提供必不可少的准备步骤。
　　MSR守护者净水器
　　终极大招，MSR去年上市的守护者净水器，不但能去除水中的细菌和原生动物，还能够去除最小级别的水传染病原微生物——病毒。归功于滤芯中领先中空纤维技术，当水流经过中空纤维时，纤维壁上的微孔（小到病毒都无法通过）物理性地过滤掉微粒和微生物，只允许净化过的水穿過纤维壁。
　　MSR微型滤水器
　　对于越野跑、快速徒步穿越以及山地自行车运动，MSR新推出的微型滤水器意味着几乎无负重的全天候水分补充，简单的挤压动作，60秒即可灌满1升容积的水瓶。仅重142克，符合NSF Protocol P231协议关于去除细菌、原生动物、微粒的标准。