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云南省地质环境监测院建于1980年7月30日，成立之初名称为云南省地下水动态环境保护监测站，1985年4月25日更名为云南省环境地质监测总站，1988年12月8日南国土资源部批准正式成立云南省环境地质监测总站，隶属于云南省地矿局（厅）。2008年5月9日云南省地质环境监测总站合并云南省地质调查院水工环地质调查研究所后，更名为云南省地质环境监测院，成为隶属于云南省国土资源厅的公益性、基础性地质环境调查和监测事业单位，主要从事基础性、公益性地质调查评价工作。