目的 从密码子和16S核糖体的角度探讨鼠疫菌的突变和进化.方法 利用生物信息学工具对鼠疫菌的密码子偏好和16S核糖体进行分析.结果 密码子分析发现4株耶尔森菌的低钙反应质粒(PCD1)密码子偏好相似,古老型鼠疫菌的3个质粒中鼠毒素质粒(PMT1)和PCD1质粒密码子相似,而PCD1、鼠疫菌素质粒(PCP1)和云南鼠疫菌PYC(6 kb)质粒的密码子偏好有一定的差异.16S核糖体分析发现11株耶尔森菌的16S核糖体序列相似,其中假结核和鼠疫菌最接近,只有1个碱基的差别,经过分析发现鼠疫菌的这个位点的碱基发生了突变,由G变成T,相应的氨基酸也由甲硫氨酸(M)变成异亮氨酸(I);而鼠疫菌的16S核糖体序列与大肠埃希菌、人蚤有一定的区别.结论 鼠疫菌获得PCP1的时间可能要比PMT1晚,或者说鼠疫菌与PMT1的亲缘性要比PCP1和云南6 kb质粒相近;鼠疫菌16S核糖体核苷酸位点的改变可能会导致16S rRNA功能和结构的改变,而鼠疫菌16S核糖体的序列与人蚤相似性很低,推断其协同进化时间很短,说明鼠疫菌的出现很晚。