近年来，环境DNA （eDNA）技术广泛应用于水生生物多样性研究。以珠江河口咸淡水生态系统为研究区域，采用滤膜法富集eDNA，选取直径47 mm、孔径0.45μm的硝酸纤维膜、醋酸纤维膜、玻璃纤维膜和聚碳酸酯膜共4种材质的滤膜，采用4种滤膜保存方法，结合2种试剂盒提取eDNA，评估不同组合方案对eDNA提取效果的影响。结果显示，滤膜材质和保存方法对eDNA产量具有显著影响；其中，醋酸纤维膜获取的eDNA浓度最高。在DNA提取物质量相当的情况下，海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒提取的eDNA浓度高于DNeasy Blood and Tissue kit试剂盒。在不同保存条件下，“液氮”保存法获取的eDNA浓度最高。在不具备冷冻条件时，可添加乙醇，常温保存滤膜。采样后立即过滤水样能够有效防止eDNA降解。文章建立了珠江口咸淡水生态系统水样eDNA的获取、保存和提取方案，可为相似水域的eDNA研究提供参考。