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拟南芥开花主要受四种遗传途径调控，即：光周期途径，春化途径，自主途径和赤霉素途径。各种途径之间通过CO，FLC，FT，SOC1等主效基因的相互作用，最终调节花特异性基因AP1和LFY的表达，从而调控拟南芥的开花时间，其中各种突变体的研究揭示了相关基因的功能。这些主效基因中，CO基因对光周期途径是特异的，FLC基因对开花起抑制作用。其它因素如环境、基因染色质结构的改变、酶等对拟南芥开花时间的影响有待进一步的研究。