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纳埃铜矿矿体赋存于古近系始新统(E2)碎屑岩的破碎带内。矿体主要受构造破碎带控制,矿体呈脉状产出,地层、岩性、围岩蚀变也起到明显的控制作用,属于较为稳定的热液脉状铜矿。与铜矿有关的围岩蚀变主要为褐铁矿化、碳酸盐化、硅化。矿床属次生张性裂隙控制的中温热液脉状铜矿床。矿区具有一定的找矿远景。