2010年春季对太湖流域14个湖泊、7座水库及8条河流的底栖动物进行了调查。共调查到底栖动物57种,隶属4门、8纲,其中水生昆虫(17种)和寡毛类(15种)物种数最多。霍甫水丝蚓为整个流域的绝对优势种。聚类分析表明,可将29个水体的底栖动物划分为10种群落类型,其中霍甫水丝蚓在15个水体中占绝对优势,铜锈环棱螺为5个水体的第一优势种。底栖动物平均密度和生物量分别为2 741.2个/m2和47.2 g/m2,寡毛纲在密度中占绝对优势(90.9%),双壳纲和腹足纲在生物量中占93.4%。密度河流最高、水库最低;生物量湖泊最高、水库最低,底栖动物类群数量组成水体类型间差异明显。物种多样性与丰富度和均匀度均显著相关,但更多地受均匀度的影响。水库、湖泊的Shannon多样性、物种丰富度、均匀度指数均显著高于河流,物种数差异接近显著水平。养殖型湖泊底栖动物密度显著高于非养殖型湖泊,生物量、Shannon和均匀度指数相反。Wright指数显示,太湖流域水库水质多处在清洁—轻污染等级,Shannon和BPI指数说明绝大多数湖泊和河流处在中—重污染水平。