【摘 要】
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采用基于线性响应近似的自由能计算方法计算了一类hydroxamate抑制剂和MMP-2的绝对结合自由能.计算中,催化锌离子和MMP-2以及配体之间采用了非键模型.分子动力学模拟结果显示
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采用基于线性响应近似的自由能计算方法计算了一类hydroxamate抑制剂和MMP-2的绝对结合自由能.计算中,催化锌离子和MMP-2以及配体之间采用了非键模型.分子动力学模拟结果显示,采用非键模型时,催化Zn离子采用五配位的形式,但配位键的形式和初始结构比较有很大的差别.通过拟合,分别得到了单参数、双参数以及三参数的自由能预测模型,其中,含有常数校正项的三参数模型具有最佳的预测能力,预测自由能和实际自由能之间平均绝对误差仅为2.38 kJ/mol.
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