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目的 分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16S rRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据.方法 用芯片法和基因测序进行北京地区3个单位129株NTM临床分离株的菌种鉴定,实验操作者之间采用双盲法,对两种鉴定方法的结果进行比较和评价.结果 129株NTM菌株中,有107株进行分枝杆菌基因测序,其中59株为胞内分枝杆菌(55.1％);29株为堪萨斯分枝杆菌(27.1％);5株为龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌(4.7％);3株为鸟分枝杆菌(2.8％);2株为偶发分枝杆菌(1.9％);2株为戈登分枝杆菌(1.9％);1株为蟾蜍分枝杆菌(0.9％);1株为草分枝杆菌(0.9％);1株为瘰疬分枝杆菌(0.9％);4株为其他NTM(3.7％).有116株进行芯片法分枝杆菌菌种鉴定,且有96株同时进行芯片法和基因测序法检测,两种方法进行菌种鉴定的符合率为88.5％(85/96).基因测序发现有3株外来菌株,分别为明尼苏达分枝杆菌、熊本分枝杆菌、提门分枝杆菌(M.temen).结论 北京3家机构NTM菌种以胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌和龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌为主.用芯片法和基因测序对NTM临床分离株进行菌种鉴定的一致率较高.