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法律赋予高校对外合作办学的自主权，但由于其涉及国家教育主权等特殊性，教育行政部门又加强了管理。教育行政部门既要参与大学章程的制定、审批，也要遵守大学章程，尊重高校的办学自主权。作为大学“宪法”的章程应规定外事委员会、中外合作办学内部管理模式的选择和调整、办学结余等事项。通过大学章程引导中外合作办学，可以调和行政管理权和办学自主权的矛盾，有助于各高校的中外合作办学形成特色。