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预算绩效已经成为预算编制的必要组成部分,为了指导预算绩效编制,财政部也陆续出台了预算绩效指标体系与分行业分领域指标体系,特别是在分行业指标中给出了科研项目的绩效指标,这使得预算绩效编制变得更加容易,但是在高等学校科研项目预算绩效实际编制过程中仍然存在一些问题,本文对存在的问题进行了分析,并给出了相应对策.