作为重要菌种资源之一，副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）在分类学中的地位一直有所争议。本研究基于全基因组，解析不同副干酪乳杆菌基因组差异，为后期菌株分类鉴定提供认知。以公开的180株副干酪乳杆菌全基因组数据和2株模式菌株为研究对象，通过比较基因组学的方法解析副干酪乳杆菌基因组之间的差异。182株副干酪乳杆菌基因组大小平均为2.98 Mb，G+C含量平均为46.33%，平均包含了2 777个蛋白质编码区，不同菌株之间基因组大小和基因数量均存在一定差异。副干酪乳杆菌其泛基因组呈开放型式，且在群体中存在高度遗传多样性。利用16S rRNA基因序列构建的系统进化树识别种内菌株效果不明显，而基于核心基因构建的系统发育树效果最佳。Lactobacillus casei Zhang、Lactobacillus casei BD-II以及Lactobacillus casei LC2W等27株菌均与Lactobacillus. paracasei subsp. tolerans DSM 20258T进化遗传距离较近。基因组之间成对比较分析表明Lactobacillus casei Zhang、Lactobacillus casei BD-II以及Lactobacillus casei LC2W等与Lactobacillus casei DSM 20011T之间的平均核苷酸一致性值在77.38%-78.78%之间，平均氨基酸一致性值在85.59%～86.73%之间，远低于同一菌种的划分阈值。通过比较基因组学解析副干酪乳杆菌群体基因组信息，为后续物种分类鉴定提供科学认知。