葡萄EST-SNP位点的信息与特征

来源 :浙江大学学报(农业与生命科学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户:ribb5619
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为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42493条,利用CAP3软件拼接得到6126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发sNP的假阴性率,设置候选sNP位点的次要等位基因频率至少为30%,sNP侧翼序列保守度至少为5bp.结果表明:仅在11
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