【摘 要】
：
为了克隆荸荠AGPase大亚基基因(EdAGPL1)cDNA序列,分析其序列结构特征及其在荸荠不同组织和球茎发育过程的表达情况.以荸荠\'桂林马蹄\'为研究材料,通过RT-PCR技术克隆得到EdAGPL1基因并对其进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术分析其不同组织和球茎发育过程的表达情况.结果 表明,克隆获得EdA GPL1基因长度为1744 bp,其开放阅读框为1599 bp,编码532个氨基酸,蛋白质分子质量为58.84 kD,等电点为7.54,具有NTP transferase和P
【机 构】
：
广西壮族自治区农业科学院生物技术研究所,南宁,530007;荔浦市农业农村局,荔浦,546600
论文部分内容阅读
为了克隆荸荠AGPase大亚基基因(EdAGPL1)cDNA序列,分析其序列结构特征及其在荸荠不同组织和球茎发育过程的表达情况.以荸荠\'桂林马蹄\'为研究材料,通过RT-PCR技术克隆得到EdAGPL1基因并对其进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术分析其不同组织和球茎发育过程的表达情况.结果 表明,克隆获得EdA GPL1基因长度为1744 bp,其开放阅读框为1599 bp,编码532个氨基酸,蛋白质分子质量为58.84 kD,等电点为7.54,具有NTP transferase和PbH1结构域;二级结构组成比例为螺旋结构(Helix)占13.72％,链状结构(Strand)占25.19％,无规则卷曲(Loop)占61.09％;三级结构由17个α-螺旋、34个β-折叠和51个β-转角(卷曲)构成.同源性及系统进化分析表明,EdAGPL1与其他植物AGPL蛋白氨基酸序列的同源性为57.54％～61.64％,在进化上与其他植物亲缘关系较远.荧光定量PCR分析表明,EdAGPL1在不同组织的表达情况为球茎＞叶状茎＞匍匐茎＞根;在球茎各发育阶段,EdAGPL1在初期表达量最高,随后降低保持较稳定水平.EdAGPL1基因表达具有时空、组织特异性,可能是调控淀粉合成代谢途径中的关键基因,对该基因的研究有助于后续阐明荸荠淀粉合成的调控机理,进而为高淀粉品种选育提供理论依据.
其他文献
4香豆酸辅酶A连接酶(4-coumarate:coenzyme A ligase,4CL)是黄酮类、木质素生物合成的关键酶之一,位于苯丙氨酸代谢途径的主途径向分支途径过渡的关键点上,控制进入不同的次生代谢支路以产生不同的次级代谢产物.本试验以甘青青兰(Dracocephalum tanguticum Maxim)为材料,利用PCR技术从甘青青兰中克隆出该家族成员一个基因,命名为Dt4CL1,利用双酶切及质粒重组法构建过表达载体Dt4CL1-PHB.对该基因编码的蛋白进行理化性质、疏水性、信号肽、二级结构、
为探究夏黑葡萄叶片衰老相关基因的表达情况及代谢通路,本研究以叶果比12为材料,采用高通量测序技术对采集花后45、65、85和105 d的叶片进行转录组分析.结果 显示,花后45 d的样品中得到50855290条clean reads,GC含量为46.49％;花后65 d的样品中得到50432588条clean reads,GC含量为46.13％;花后85 d的样品中得到52169372条clean reads,GC含量为47.10％;花后105 d的样品中得到50988842条clean reads,GC
CO(CONSTANS)是植物成花诱导中光周期途径的关键基因.为探明黑喉石斛(Dendrobium ochreatum)CO同源基因在其花发育过程中的表达模式,以黑喉石斛不同时期叶片为试验材料,基于转录组测序结果,结合同源克隆和3\'RACE克隆技术得到黑喉石斛CO同源基因,命名为DoCOL10.DoCOL10基因编码区长度为1 263 bp,共编码421个氨基酸;该基因编码的氨基酸序列有2个完整且相连的B-box元件和1个CCT结构域,属于CO家族第1类,为CO同源基因;DoCOL10不具备跨膜结构
本研究利用不同浓度的K+ (KCl)溶液对\'青黑杞1号\'的组培幼苗进行处理,检测和分析与K+通道相关的基因在黑果枸杞中的表达模式.采用RT-PCR等方法,分析在不同浓度K+条件下,枸杞中K+通道相关基因的表达量的变化情况.结果 显示:(1) 100、250和300 mmol/L K+处理后,黑果枸杞中K+通道相关基因的表达水平较低;(2)当外界K+浓度大于300 mmol/L时,部分基因的表达量上升,随着外界K+浓度的继续增加,黑果枸杞的KCO1B基因表达水平先下降后上升,而Cluster-1
为了获得珍贵用材树种大花序桉顶芽转录组数据及预测关键基因功能,本研究基于Illumina HiSeqX Ten测序技术获得大花序桉顶芽转录组原始数据,经Trinity组装拼接获得高质量Unigene,并与NR、Swiss-Prot、GO、KOG、eggNOG和KEGG等生物信息数据库进行序列比对和功能注释,利用MISA软件进行SSR位点搜索和分析.从大花序桉顶芽中共获得26 587条高质量Unigene,平均长度为1 279.69 bp;共有22 099条Unigene至少在一个数据库中被成功注释,其中,
ASR基因(脱落酸,胁迫,成熟诱导基因)普遍存在于种子植物中,多以基因家族的形式存在,作为糖、脱落酸(abscisic acid,ABA)和胁迫信号通路的共同成分,在植物生长发育、果实成熟和抵御胁迫等方面发挥着重要的作用.为了探究ASR基因家族在藜麦中发挥的功能,本研究在藜麦全基因组数据和蛋白质组数据中查找到19条ASR基因,其编码氨基酸数目在98～235 aa之间,分子量介于11 015.73～24 485.48 kD之间,等电点在5.04～9.96之间,除XP_021735625.1之外,所有序列均含
皂苷物质是“参”中重要的营养物质之一,鲨烯环氧酶(squaleneepoxidase,SE)在催化皂苷物质合成中有着重要作用.本研究以\'黑田五寸\'胡萝卜为材料,克隆出DcSE基因.结果表明,DcSE 的基因片段长度为1 896bp,可编码氨基酸长度为631 aa;其核苷酸序列与公布的胡萝卜基因序列同源性为99.58％,存在8个位点差异;推导的氨基酸序列与公布的胡萝卜该氨基酸序列同源性达99.21％,存在5个位点差异,预测为亲水性蛋白.分子进化树分析表明,DcSE与伞形科的芹菜、欧芹进化距离较近
抗坏血酸氧化酶(AAO)是一种多功能的酶,在调节植物发育过程和应激反应方面发挥重要作用.本研究以水稻抗坏血酸氧化酶基因OsAAO2为靶序列,在葡萄、小麦、水稻等物种中鉴定出23个AAO成员,分析其染色体定位、预测蛋白理化性质和二级结构、亚细胞定位、保守基序并且构建系统发生树.结果表明,AAOs在理化性质上有很大的差异,如分子量和理论等电点(pI),但在N端都含有信号肽;AAO家族蛋白富含碱性氨基酸,均为亲水性蛋白;蛋白的二级结构主要是无规则卷曲和延伸链;保守基序分析发现,AAOs蛋白较稳定,具有很强的保守
为探究化香属植物叶绿体基因组密码子使用特征,本研究利用CodonW、CUSP和SPSSAU软件分别对圆果化香和化香两种化香属植物的叶绿体基因组密码子使用模式进行分析.结果表明:圆果化香和化香叶绿体基因组蛋白编码序列的GC含量分别37.75％和37.80％,密码子第3位碱基GC含量分别为27.16％和27.25％.有效密码子数在35.19～56.98之间,超过2/3的基因ENC值大于45,表明密码子偏好性较弱.中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析.结果表明:化香属叶绿体大部分基因的密码子
MYB是植物重要的转录因子,对果实的发育发挥重要的作用.本研究基于芒果果实和叶片转录组数据,运用Nr、Swiss-prot和Pfam数据库进行Unigene的功能注释,共鉴定得到125个MYB家族转录因子,其中包含4R-MYB (1)、R1R2R3-MYB (1)、R2R3-MYB (51)、R1-MYB (8)和atypical-MYB (64).通过在线数据库分析表明具有R重复区的共61个MYB蛋白中大部分属于亲水性蛋白,且均不含有信号肽和跨膜结构,亚细胞定位于细胞核.序列比对和进化树分析表明:芒果M