目的：分析物理因子治疗脑卒中患者肩痛的应用价值及康复效果。方法：选择2012年5月至2014年12月我院收治的80例脑卒中肩痛患者作为研究对象，随机把80例患者分成对照组与观察组，对照组仅应用运动康复治疗，观察组在运动康复治疗后应用物理因子治疗，比较两组患者的临床康复效果。结果：根据视觉模拟（VAS）疼痛评分，观察组治疗前（7.7±1.5）分，治疗后（1.1±0.8）分，对照组治疗前（7.9±1.5）分，治疗后（3.8±1.6）分，观察组评分明显优于对照组；根据Fugl-Meyer上肢功能评分，观察组治疗前（10.2±3.8）分，治疗后（23.5±5.8）分，对照组治疗前（10.3±3.9）分，治疗后（15.3±3.9）分，观察组评分明显优于对照组，两组对比差异显著（P<0.05）。结论：物理因子治疗脑卒中患者肩痛具有重要的价值，可以明显提高脑卒中患者的临床康复效果，值得推广应用。