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以氧化亚铁硫杆菌１，５－二磷酸核酮糖羧化酶／加氧酶（ＲｕｂｉｓＣＯ）基因为探针，与氧化硫硫杆菌和多能硫杆菌的染色体ＤＮＡ杂交。结果表明，氧化硫硫杆菌的染色体ＤＮＡ能够与氧化亚铁硫杆菌ＲｕｂｉｓＣＯ基因探针杂交。而多能硫杆菌不能与其杂交，然而却能够与球形红杆菌ＲｕｂｉｓＣＯ基因探针杂交，同源性高。由于ＲｕｂｉｓＣＯ在进化上的高度保守性，因此认为它们在ＲｕｂｉｓＣＯ进化关系上就属于不同的类群。