深圳大鹏半岛国家地质公园野生脊椎动物资源丰富。2012年8月―2013年1月,对境内进行了动物物种多样性调查,在该地区共发现野生脊椎动物109种,其中兽类16种,鸟类63种,爬行类19种,两栖类11种。物种区系分析表明东洋界种类明显占优。调查发现有国家Ⅰ级重点保护动物1种,即蟒蛇(Python molurus),国家Ⅱ级重点保护动物12种,包括穿山甲(Manis pentadatyla)、鸢(Miluus Korschun)、游隼(Falco peregrinus)、红隼(F.peregrinus)、燕隼(F.tinnunculus)、雀鹰(Accipiter nisus)、褐翅鸦鹃(Polophilus sinensis)、小鸦鹃(Centropus bengalensis)、斑头鸺鹠(Glaucidium cuculoides)、领鸺鹠(G.brodiei)、三线闭壳龟(Cuora trifasciala)和虎纹蛙(Haplobatrachus rugulosus)等。同时获得部分重要物种如香港瘰螈(Paramesotriton hongkongensis),该物种在大鹏半岛国家地质公园境内首次发现。最后对该区野生脊椎动物资源现状及保护进行了分析,并提出了物种认定、栖息地保护、制定相应的恢复计划、合作保护和宣传教育等保护野生动物的对策和措施。