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生物信息数据文件数量非常庞大，并且数据格式不统一。XML作为信息交换的格式可以方便地转换为其他格式，且XML文件中的数据可以方便地存储在数据库中。使用XML作为生物信息数据的存储格式，不仅充分利用了XML在格式转换方面的优势，更方便了对生物信息数据的存储管理和查询，为有效数据信息的提取和进行数据挖掘提供了前提。