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区域创新系统由知识生产和科技成果转化系统构成。基于随机前沿对中国区域创新系统效率进行测评发现，从整体来看，尽管两个子系统的创新效率都在提高，但效率值较低，仍有较大的提升空间；从区域来看，在两个子系统上呈现出不同的中心外围结构，二者并未形成良好的互动运行。因此，应依据各地不同的创新资源票赋，构建多样化的区域创新系统，以提升其运行效率，促进本地产业的发展。