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厌氧真菌是瘤胃内重要的纤维降解菌，在瘤胃功能的发挥中起重要作用。目前对厌氧真菌纤维降解能力的研究较多，主要集中于对厌氧真菌纤维降解酶如纤维素酶、木聚糖酶等的研究。在瘤胃中，厌氧真菌对粗纤维的降解是其和瘤胃内其他微生物共同作用的结果，因此，瘤胃内厌氧真菌与他微生物之间相互关系的研究越来越受到重视。现代分子生物学技术的发展有利于更深入和透彻的研究厌氧真菌，利用18SrRNA、RPLP、ITS1等分子生物学方法对厌氧真菌进行系统学及进化研究成为热点。