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目的对薄叶卷柏及其变异类型进行比较鉴定研究。方法分别采用形态学、解剖学方法研究两者的植物形态、药材性状及其显微特征；采用薄层色谱、近红外漫反射光谱比较两者的异同。结果薄叶卷柏及其变异类型在形态解剖上存在较小但稳定的差异；其茎的显微构造极为特殊（有气室、横桥、多体中柱等特征）；两者薄层色谱与近红外二阶导数光谱也略有不同。结论研究结果为其药材资源的开发利用提供了鉴定依据；其变异类型宜作为薄叶巷柏的一个变种处理。