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差异蛋白质组学从整体角度分析在不同状态下体内蛋白质表达的动态演变过程,其研究方法与传统中医强调整体观的思想相符合。故创新性地剖析差异蛋白质组学应用于中医证候学、中药学和针灸学领域的研究路线,如证候实质研究、同病异证、异病同证、同类证等证候学研究,药材炮制及道地性、中药作用机制靶点及方证相关等中药学相关研究,以及经穴特异性、针刺量效关系、脏腑相关及针灸疗效作用机制等针灸学领域研究。同时,归纳分析差异蛋白质组学在相关领域的应用现状及局限性。