【摘 要】
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目的:基于生物信息学的方法探索肝细胞癌外周血单个核细胞(HCC-PBMC)的关键基因和潜在的治疗中药,并通过系统评价进一步确认该药的临床疗效.方法:利用基因表达数据库(GEO)下载关于HCC-PBMC的芯片GSE58208和GSE36076.通过RStudio软件分析获得差异表达基因(DEGs).利用STRING在线数据库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析,DAVID在线功能注释工具进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析.通过Cytoscape软件对HCC-PBMC差异基因进
【机 构】
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河北中医学院研究生院,石家庄050090;河北中医学院第一附属医院,石家庄050011
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目的:基于生物信息学的方法探索肝细胞癌外周血单个核细胞(HCC-PBMC)的关键基因和潜在的治疗中药,并通过系统评价进一步确认该药的临床疗效.方法:利用基因表达数据库(GEO)下载关于HCC-PBMC的芯片GSE58208和GSE36076.通过RStudio软件分析获得差异表达基因(DEGs).利用STRING在线数据库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析,DAVID在线功能注释工具进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析.通过Cytoscape软件对HCC-PBMC差异基因进行可视化,同时,利用CytoHubba插件计算出HCC-PBMC的关键基因.通过将关键基因与医学信息检索平台相互映射,筛选出治疗肝细胞癌(HCC)的潜在中药并纳入下一步的系统评价.结果:共得出203个DEGs(上调基因194个,下调基因9个).经DAVID分析,可知这些DEGs主要富集的生物学过程和信号通路包括DNA模板转录调控、核糖核酸磷酸二酯键水解,核内裂解、核分裂的正调控、骨骼肌纤维发育、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)活性的激活、范可尼贫血途径、代谢途径.通过Cytoscape软件计算出HCC-PBMC的关键基因,分别是GTP酶IMAP家族成员1(GIMAP1),GTP酶IMAP家族成员4 (GIMAP4),GTP酶IMAP家族成员6(GIMAP6),GTP酶IMAP家族成员7(GIMAP7),GTP酶IMAP家族成员8(GIMAP8),白细胞介素-1β(IL-1β),趋化因子(CX3C基元)受体1(CX3CR1),趋化因子(C-C基元)受体2(CCR2),Toll样受体7(TLR7),表皮生长因子(EGF).经Coremine Medical分析得出人参、姜黄、积雪草、白花蛇舌草与关键基因关系较为密切,其中人参具有补益肺脾、增强气力功效,与HCC肝郁脾虚、气阴两虚证相符合,故将以人参为君药的四君子汤纳入系统评价.经过评价得出人参在提高临床总体疗效,改善患者中医证候及血清CD4+,CD4+/CD8+水平,降低患者血清CD8+,总胆红素(TBIL)水平方面均优于单纯西医治疗(P＜0.01),且安全性高.结论:本研究基于基因层面展开分析,为临床工作者在诊断和治疗HCC方面提供了新思路,人参治疗HCC的系统评价为中医药临床防治HCC提供了依据.
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