2013年，崔永元与学术打假专家方舟子在网络上对转基因展开大辩论；2014年，因制作的转基因纪录片受到抨击，崔永元邀辩农业大学校长柯炳生；2015年，崔永元在复旦大学新闻学院发表题为“班门弄斧转基因”的演讲，与该校生命科学学院教授卢大儒展开了激烈争论。因崔永元身份的特殊性，网民不断跟进，进一步引发了民众对转基因的不安。
　　转基因的相关概念及优势
　　在农业生产领域，用现代分子生物学技术，将某些生物的基因转移到其他物种中，使其出现原物种不具有的性状或产物，由此形成的动植物、微生物被称之为转基因生物。以转基因生物为原料生产和加工的食品称为转基因食品。转基因技术是人类近150年以来最重要的生物学技术之一，它最先应用于农作物生产，1983年诞生了世界上最早的转基因作物（烟草），1994年美国孟山都公司转基因食品研制的转基因西红柿批准上市。目前全球转基因作物主要有大豆、棉花、玉米和油菜四种，中国大面积种植的主要作物是转基因棉花。
　　与传统作物相比，转基因作物具有高产、经济、多样、适应性强的特性，有利于大规模单一作物种植，可减少人工投入，适合机械化播种与管理；转基因生物具有更优良的抗病、抗虫及抗自然灾害的特性，可有效地提高了作物的质量和产量，同时减少化肥、农药用量，改善生态环境，2010年美国科学院报告，转基因农作物对病虫害的抵抗力提高，可减少使用杀虫剂，利于环保，如转 BT 水稻农药施放就较少，转植酸酶玉米饲喂动物，降低了40%的磷污染；转基因能降低农作物生长成本，生产出更为优质的产品，价格也更为便宜。
　　转基因食品的安全问题
　　随着转基因作物的研发和产业化规模的不断扩大，转基因食品安全问题受到了世界各国政府和公众的普遍关注，成为争论的焦点。人们不由自主地发问：“转基因食品对人类健康有威胁吗？”。
　　不少權威机构和科学家认为转基因植物与非转基因植物的营养性一致，并且可以安全食用。世界卫生组织、美国医学会、美国国家科学院、英国皇家学会等权威机构均认为：“食用转基因农作物的食物成分，不比普通方法改善的农作物来源的组分更危险”。我国著名杂交水稻育种专家、被誉为“世界杂交水稻之父”的袁隆平曾肯定了我国每年进口2000多万吨大豆用了抗除草剂的转基因并无安全性问题。
　　鼓励研发 慎行推广
　　对新的生物技术，我们应持慎重、科学的态度。国家主席习近平在中央农村工作会议上谈了他对转基因问题的看法：“我强调两点：一是确保安全，二是要自主创新。也就是说，在研究上要大胆，在推广上要慎重。转基因农作物产业化、商业化推广，要严格按照国家制定的技术规程规范进行，稳打稳扎，确保不出闪失，涉及安全的因素都要考虑到。要大胆创新研究，占领转基因技术制高点，不能把转基因农产品市场都让外国大公司占领了。”
　　转基因技术在世界范围内已经得到应用和推广，中国远落后于发达国家。因自身存在不确定的潜在因素，在积极鼓励研发转基因技术的同时还是要慎之又慎，将推进转基因技术研发纳入农业重大发展战略之中，但不宜加快转基因主粮品种的商业化种植。
　　发言需谨慎 知识需普及
　　崔永元与专业人士展开基因农业网本出于进一步宣扬转基因的目的而组织了一场品尝转基因玉米的科普活动，结果催生了崔永元和方舟子在网络上的大辩论。两位名人争论的结果是崔永元获得了压倒性的支持。本文认为，知名人士在公开场合发声需要有确切的科学依据，尽量避免情感宣泄，尤其在发表与国计民生的相关言论时，更是需要三思而后行，且在转基因科普宣传上可以利用名人效应。
　　现代社会舆论多元，在转基因问题上存在争议并非坏事，转基因既然关系是关系国计民生的重大技术，我们在讨论其安全性、合理性时，不能凭意气之争而论一时之长短，就让辩论回归辩论，科学回归科学。