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该文提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。该算法先用渐进方法进行多序列比对，然后通过迭代策略．利用上一轮多序列比对结果修正指导树，产生新一轮比对。重复这一过程，直到指导树不再发生变化或满足事先设定的迭代次数为止。以比对数据库BAliBASE中多蛋白质家族lidy为例，对IPMSA算法和ClustalW算法进行的比较研究表明，该算法能更有效地比对分歧较大的序列，并改进其系统发育树。