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胃肠道被称为多脏器功能衰竭的"始动"器官。胃肠道微环境由单层肠上皮细胞层,局部免疫系统,微生物组组成,这三个组成部分在维持健康宿主的自稳态方面发挥了重要作用。然而,脓毒症时肠道微环境发生改变,导致病理改变引起局部和远隔脏器的损伤。本综述重点关注了生理和病理状态下上皮细胞,胃肠道淋巴细胞,共生菌三者之间的关系,并且如何以微生态为靶向治疗使脓毒症患者获益。