‘红阳’猕猴桃全长转录组测序分析及蔗糖转运蛋白基因分离

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‘红阳’猕猴桃是中国自主培育的优良品种,具有独特的红色性状和高糖低酸特性。分离‘红阳’猕猴桃优良性状控制相关基因全长,可以为研究基因生物学功能提供基础。为了更好地获得候选功能基因全长,本研究利用PacBio Sequel平台对‘红阳’猕猴桃不同组织的混合样品进行全长转录组测序,并利用生物信息学对序列进行分析。结果显示,共得到30 947条非冗余的高质量全长转录本,预测CDS有26 707条序列,lncRNA 有13 486条。检测到56 401个SSR位点,其中双核苷酸重复类型所占的比例最大,为50.53%。转录本功能注释显示有29 507条转录本在数据库中获得注释信息,占全部转录本数的95.35%。此外,共获得1 548条碳水化合物代谢相关序列,2 499条转录因子序列。与已有的‘红阳’猕猴桃参考基因组联合分析,获得了若干基因全长序列。本研究为深入挖掘‘红阳’猕猴桃转录组数据和优化基因组数据提供支持,也为阐明‘红阳’猕猴桃优良性状形成的分子机制奠定基础。
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