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综述了蛋白质组学作为后基因组时代功能基因组学研究的重要组成部分和前沿研究领域,在烟草研究中的应用进展,探讨了烟草根系、叶片等器官的蛋白质分离提取方法,蛋白质组学在低温、盐胁迫和机械损伤等逆境胁迫研究中的应用,烟株应对施肥、紫外线辐射、打顶和病害入侵等环境变化所发生的生理、病理反应的内在调控机制研究,以及蛋白质组学在提高烟叶品质研究中的应用。最后提出了目前烟草蛋白质组学研究所面临的几个问题,并对下一步的研究和发展前景进行了展望。