【摘 要】
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目的:通过检索挖掘多个肿瘤公共数据库中肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的相关数据,从转录本、蛋白质、基因突变、蛋白相互作用及相应的信号通路和功能富集等不同层
【机 构】
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海军军医大学免疫学研究所暨医学免疫学国家重点实验室,上海 200433
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目的:通过检索挖掘多个肿瘤公共数据库中肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的相关数据,从转录本、蛋白质、基因突变、蛋白相互作用及相应的信号通路和功能富集等不同层面,揭示BRD(bromodomain)蛋白家族与HCC的相关性,探索BRD蛋白家族作为HCC的肿瘤进展及预后判断的潜在生物标志物价值.方法:从UALCAN数据库中获取BRD蛋白家族所有成员在HCC患者组织样本中的mRNA表达数据和患者临床信息并进行相关性分析.从TCGA数据库中获取BRD蛋白家族mRNA表达水平与HCC患者预后的数据并进行相关性分析.从The Human Protein Atlas数据库中获取BRD蛋白家族在HCC组织和正常肝组织中的免疫组化结果并进行对比分析.使用STRING数据库获取BRD蛋白家族的相互作用蛋白网络,并利用CYTOSCAPE软件对获取的相互作用蛋白进行KEGG和GO分析.结果:BRD家族7个成员均在HCC组织中高表达(P<0.01),并且与HCC患者肿瘤分级和临床分期正相关(P<0.01),同时BRD8和BRD9的低表达提示HCC患者预后较好(P<0.05).BRD相互作用蛋白主要参与组蛋白乙酰化修饰,并高度富集于HCC相关的信号通路.TP53基因突变HCC患者的BRD1、BRD3、BRD4、BRD7、BRD8和BRD9表达水平显著高于非突变患者(P<0.05).结论:BRD蛋白家族分子能够作为HCC患者肿瘤分级、临床分期和预后判断的潜在靶标.
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