2009年的审计报告称:个别分项目投资控制不严，如超进度验工计价，超范围调增自购材料价格等问题；少数分项目承发包不够规范；部分施工单位使用不符合国家规定的发票入账结算，涉及金额达5.2亿元。审计报告最后称，京沪公司提供的资料，截至2009年8月底，前两项已经通过整改，建设单位已全部纠正。对使用不符合国家规定发票入账结算5.2亿元的问题，施工单位已纠正4.56亿元，其余0.64亿元正在整改，相关违法违纪人员已移送司法机关处理。
　　2010年的审计报告称：工程建设招投标工作不规范涉及合同金额44.46亿元；个别施工单位及个人转移挪用公款和建设资金1.87亿元及其他相关问题，涉嫌违法违纪；虚开、伪造、代开发票入账等合计金额5.4亿元；京沪公司对尚未实施的工程办理工程款结算，涉及金额5608.07万元；京沪公司未按合同约定扣回物资供应合同履约保证金5558.74万元；部分工程监理不到位及完善环保措施。
　　2011年的审计报告称：京沪高铁建设项目发现部分采购招投标不规范、部分工程管理不到位、地方截留挪用征地拆迁资金、施工企业拖欠工程款等问题。审计发现土建施工和个别物资采购招投标不规范，涉及金额8.49亿元；个别工程管理不到位，京沪高铁取消了部分路段风屏障，造成4.13亿元物资闲置；发现沿线个别地方基层单位套取、截留、挪用征地拆迁资金4.91亿元；并发现沿线施工企业拖欠材料款、工程劳务款等款项合计82.51亿元。