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脑功能磁共振依赖于局部脑区的氧含量变化成像。相较于其它功能成像而言，功能磁共振具有无电离辐射。无需对比剂、具有较高的时间及空间分辨率等优势。目前，其在脑皮层功能区的研究中主要用于各功能皮层区的精确定位；在癫痫中可根据血流改变对致痫灶进行精确定位及对癫痫发作相关的脑部生理改变研究等；还可用于脑肿瘤术前功能区的定位和脑血管病等各方面研究中。