近年来，我国高度重视生物肥料产业的发展，国务院发布的《生物产业发展规划》，把生物技术定位为未来发展的战略性新兴产业之一，生物肥料列入科技部发布的《“十二五”生物技术发展规划》重大生物产品之一。针对我国化肥使用超量、低效、耕地质量逐年下降的突出问题，以减少化肥施用量、改善耕地质量为主要目标，开展新型高效生物肥料产业化。截至目前，国家跟进的支持生物肥料产业化发展的项目接近10亿元人民币。
　　据了解，目前我国微生物肥料主要农业微生物菌剂、生物有机肥、复合微生物肥料三类。我国微生物肥料企业总数在950个以上，年产量1000万吨，年产值150亿元。截至2014年6月，农业部登记注册的产品有2015个。近年来，我国微生物肥料每年应用面积超亿亩，多在蔬菜、果树、中药材、甘蔗等经济作物上使用。
　　与国外相比，新的功能菌种的研发、科学合理的工艺、产品质量的提高、生产成本的降低、应用效果的稳定等问题，仍是我国微生物肥料产业急需解决的课题。
　　未来，有机物料腐熟菌剂、土壤修复菌剂、根瘤菌剂和溶磷菌剂，果树、蔬菜等经济作物专用的功能菌剂、生物有机肥、抗旱菌剂等产品，将成为研发推广的热点。