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把企业科技投入产出过程分为技术生产和技术改造与应用两阶段系统，并据此构建企业科技投入产出链的两阶段系统链模型。基于该模型对我国具有代表性的29类制造业的科技投入产出数据进行对比，发现我国制造业在第一阶段、第二阶段和综合阶段上的投入产出效率存在很大的差别；利用SPSS的欧氏距离根据投入产出效率把制造业分为效率兼优型等四类，得出提高各个靶阶段效率可以改进整体投入产出效率。借助一元回归模型检验以上两阶段系统链模型的正确性并提出政策建议。