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区域经济协同是经济高质量发展的重要前提,基于全国285个地级市的经验数据,构建双向固定效应模型,对产业结构升级如何影响区域经济系统协同发展进行实证检验,研究发现:产业结构高级化显著正向影响了区域协同发展,产业结构合理化对区域经济协同有负面影响作用,且不显著。政府应当注意产业结构升级对区域经济系统的影响,消除贸易壁垒,促进生产要素的合理流动,深化区域经济系统的协同效应。