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胃肠间质瘤是胃肠道最常见的间叶组织来源肿瘤，获功能性突变的KIT和PDGFRA受体酪氨酸激酶异常活化是多数胃肠间质瘤发病的关键因素。伊马替尼和舒尼替尼等分子靶向药物是晚期或不可切除胃肠间质瘤患者疗效确切的一线及二线治疗选择，但伊马替尼耐药是临床中的棘手问题及研究热点。本文对伊马替尼耐药的分子机制和耐药后治疗策略的选择以及靶向治疗的新进展进行讨论。未来分子生物学指导下的个体化治疗有望进一步提高胃肠间质瘤疗效，改善患者生存。