【摘 要】
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目的 研制联合诊断HBV、HDV、HCV及HCV分型的寡核苷酸(Oligo)芯片,并进行系列优化及临床应用性研究.方法 从GenBank数据库获取HBV全长DNA序列,HDV及HCV 4个基因型全长cDNA序
【机 构】
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广州市华博生物制药研究所博士后科研工作站,广州军区总医院皮肤科,南方医科大学基因工程研究所,广州军区广州总医院检验科,南方医院检验科
【基金项目】
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中国博士后科学基金;广东省自然科学基金;广东省医学科学技术研究基金
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目的 研制联合诊断HBV、HDV、HCV及HCV分型的寡核苷酸(Oligo)芯片,并进行系列优化及临床应用性研究.方法 从GenBank数据库获取HBV全长DNA序列,HDV及HCV 4个基因型全长cDNA序列,根据BLAST分析结果获得HBV、HDV种属保守序列及HCV各型特异性序列,以作为设计Oligo探针的备选序列.用Array designer 3.0分别对BLAST检索所得的HBV、HDV种属保守序列和HCV型特异性序列逐一进行分析,设计长度均一的60 mer Oligo探针.从HBV、HDV、HCV种属保守序列和HCV型特异性序列中分别挑选出16、8、68条60 mer Oligo探针.Oligo探针合成和纯化后,用芯片打印仪固定在玻片上.为便于研究,先后制备了2种芯片,包括HBV、HDV诊断芯片、HCV分型芯片.采用限制性显示-PCR技术进行样品荧光标记后与芯片杂交,并根据杂交结果筛除了有非特异杂交和信噪比低于4.0的探针,选取高特异的探针制备了HBV,HDV、HCV联合诊断分型芯片.结果 从杂交效果来看,研制的Oligo芯片特异性较高,可有效用于HBV、HDV、HCV的联合诊断及HCV的分型.为了适应临床诊断的要求,对芯片进行了实验条件摸索和一些优化,均取得较好的效果.结论 制备的肝炎病毒诊断分型芯片检测敏感性、特异性均佳,具有较为广阔的应用前景,为下一阶段进行中试规模的临床血清样品检测做好了准备.
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