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跨流域调水对生态环境的影响巨大而复杂，建立合理有效的综合评价指标体系是跨流域调水对生态环境影响综合评价的基础。其综合评价的对象是自然-社会-经济复合生态环境系统，文中将其划分为调水沿线生态环境、调水周边生态环境和社会经济生态环境3个子系统，建立了具有总目标层、子目标层、准则层和指标层的跨流域调水对生态环境影响综合评价指标体系。