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目的:利用高通量测序,通过比较不同产地银杏叶内生菌的差异,并结合化学成分相关性分析,从微生态的角度区分不同产地银杏叶的品质差异.方法:以都江堰、平邑、崇明3个产地4—7月的银杏叶片为研究对象,采用16S rDNA、内转录间隔区(ITS)扩增子高通量测序方法分析叶片内生细菌、真菌的多样性及群落组成,再基于超高效液相色谱-四级杆-飞行时间质谱法(UPLC-Q-TOF/MS)对银杏叶主要化学成分含量进行检测,并对其内生菌多样性及主要化学成分含量进行相关性生物信息学分析.结果:3个产地银杏叶内生真菌的多样性和丰富度均为都江堰>崇明>平邑;内生细菌的多样性随着月份整体呈降低趋势,丰富度在6月份最高;不同产地叶片间优势内生真菌与优势内生细菌均一致.相关性分析发现,银杏叶片内生细菌与黄酮醇苷大多呈显著正相关,如假单胞菌(Pseudomonas)、罗姆布茨菌(Romboutsia)、葡萄球菌(Staphylococcus)等;银杏叶片内生真菌中,黄酮醇苷与链格孢属(Alternaria)、枝孢属(Cladosporium)、球腔菌属(Mycosphaerella)呈显著正相关.结论:通过高通量测序免培养的方法获得了较全面的内生菌信息,优于传统培养法.药用银杏在不同地域的内生优势菌较为一致,这可能与其稳定生成的次生代谢化合物有关.可通过属水平的群落结构区分3个产地银杏叶;化学成分与内生菌的相关性可以预测出与药效成分有关的菌群.研究结果为进一步筛选银杏叶内生菌提供了实验基础,为探讨药用银杏道地性的形成机制提供了新思路.