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对AFLP技术的限制性内切酶组合进行了改进。以两个低频酶组合代替传统的高频酶与低频酶组合进行分子标记筛选，结果表明，采用低频酶组合（EcoRⅠ＋PstⅠ）产生的条带比传统酶切组合（EcoRⅠ＋MseⅠ和PstⅠ＋MseⅠ）要少且分布不均匀，多集中在150～800bp之间，条带信号强度要大，多态性明显得到提高，分子标记筛选成功率也得到了提高，而且其成本更低的特点有利于AFLP技术在我国的进一步推广普及。