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通过对不同地区54所教育部直属高校在2000—2002年间科学研究效率及其变化趋势的分析,本文发现有46.3%的高校的科研效率有待进一步提高;东部、中部和西部地区高校的科研效率呈现递减趋势,而且不同地区高校的科研效率和规模效率都存在波动,但变化趋势不同。据此,提出了进一步提高高校科研效率。优化区域科研资源配置的措施:第一,应逐步建立基于效率的高校科研资源配置机制,引导高校关注科研活动的投入产出效率;第二,在目前条件下提高高校科研活动的投入产出效率,应以扩大高校科研规模为主,以改善高校科研生产效率及其管理水