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在日本除了在各大藏书单位保存与出版的各种传世中医古文献外，还有一些是近代在日本一些古旧遗址中通过考古发掘的零残中医药古代文献，主要有以下几种：1）在日本的古寺宙中收藏的中医古籍文献，其中仁和寺古写本的《黄帝内经太素》、《黄帝内经明堂类书》、《新修本草》、《医心方》等书的残卷子；真福寺有13世纪前后写本的零残医方纸片；金刚寺有1466年顷的古写本《医心方》。2）在日本古代遗址中发现的中医古籍文献，其中藤原京遗址发现残存木简并记有药名及剂量；平城京遗址发现残简中有医方、药名及与医学相关的文字。3）在13本冲绳