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总结了核基因和线粒体基因在半翅目蚜虫分子系统发育研究中的应用.核基因中EF-1α应用最广泛,适用于探讨属级及属以上的问题;核rDNA在蚜虫中应用较少,18S rDNA适用于探讨科级以上高级阶元的问题;LWO是新近在蚜虫中开发使用的一个新基因.线粒体基因中,COⅠ/COⅡ使用最多,12S rDNA/16S rDNA、ND1、Cyt b以及F-ATP6均有应用,探讨的问题从属、种级到科级不等.核基因和线粒体基因间以及不同线粒体基因间的联合分析在解决不同层次的问题中均有应用.建议不断尝试新基因以找出适合蚜虫类群