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贵州水城-纳雍锰矿属表生氧化锰类的锰帽型矿床。通过对锰矿石和矿胚层岩石中常量元素、微量元素及稀土元素等地球化学的研究，均具有热水沉积的特征，硅质灰岩、含硅质灰岩和生物碎屑灰岩是锰帽型矿石最主要的矿胚层。它们是在茅口晚期黔中台沟相带内中-低温热水中沉积的，锰质主要来自茅口期玄武岩。纯硅质岩仅见于地表，是含硅质的矿胚层岩石，在地表经强烈氧化作用形成氧化锰矿石同时产生的“副产品”。