中煤能源制定了股东大会、董事会、监事会和经营层议事规则等一系列完善的规章制度体系，形成了权力机构、决策机构、监督机构和经营层之间权责明确、运作规范、相互协调、相互制衡的管理机制。其中，为规范董事会的运作，细化工作责任，明确会议召集、召开、审议和投票程序，制定了董事会各专门委员会工作细则以及《独立董事工作制度》《董事会秘书工作制度》《董事会审核委员会年度财务报告审议工作规程》等规章制度；为进一步明确董事会会议议案的征集、起草、审核、汇报和决议执行的工作程序，制定了《董事会议案管理暂行办法》，确立了董事会议案的质量标准和时间要求，落实了决议执行情况反馈机制，提高了决策的效率和效力。
　　董事会由9名董事组成，分别是煤炭、电力、化工等行业以及公司治理、财务审计等方面的专家，其中3名为独立董事，1名为第二大股东富德生命人寿保险公司派出的董事，保证决策的独立性。董事会下设战略规划、审计与风险管理、薪酬、提名，以及安全、健康及环保5个专门委员会，除战略规划委员会、安全、健康及环委员会两个委员会外，其他3个专门委员会的主席均由独立董事担任，审计与风险管理、薪酬和提名三个委员会中独立董事占多数。
　　中煤能源按照“符合监管、高效运作、加强管控、协调统一”的原则，制定公司重大事项的决策程序，维护了上市公司全体股东的合法权益。公司注重不断夯实董事会治理基础，积极探索董事会最佳实践，采取了完善议案征集制度、建立预备会议制度、执行决议反馈机制、积极安排调研汇报等一系列有效措施，充分发挥董事会的作用。
　　中煤能源上市以来，根据境内外两地监管的要求，针对控股股东中国中煤能源集团公司（“中煤集团”）和中煤能源股份公司间关联交易和同业竞争关系复杂的特点，高度重视合规管理，认真履行信息披露责任，切实保证全体股东特别是中小投资者的利益。由于中煤集团尚未实现整体上市，中煤能源与中煤集团间的日常性关联交易较多、同业竞争关系比较复杂。为保证有关交易严格按照日常性关联交易协议和不竞争协议进行，公司成立了由首席財务官、董事会秘书领导，以证券事务部、财务部和法律事务部为核心，经营管理部、战略发展部、基本建设部、销售中心等多部门参加的合规管理工作组，建立了“预算管理、月度监控、上限预警和定期会商”工作制度，保证了所有关联交易协议的订立、变更、终止及履行情况等信息及时公开披露，接受监督。